Заказчик получит вычет, даже если подрядчик приобрел не облагаемые НДС работы и услуги

Для выполнения строительно-монтажных работ подрядчик может приобрести у стороннего лица работы и услуги, не облагаемые НДС. Например, услугистрахования объекта строительства. Расходы учитываются в стоимости СМР, оплачиваемой заказчиком. В такой ситуации он принимает НДС к вычету как обычно.
Заказчик заявляет к вычету НДС, который подрядчик отразил в счете-фактуре. Вычет возможен после принятия строительно-монтажных работ (СМР) на учет и при наличии первичных документов, например акта выполненных работ. Значит, никаких особенностей для заказчика нет, даже если подрядчик для выполнения СМР приобрел работы или услуги, не облагаемые налогом.
Стоимость приобретенных подрядчиком работ и услуг, не облагаемых НДС, нужно учитывать в общей стоимости СМР. А она, в свою очередь, считаетсяналоговой базой по НДС, с которой подрядчик исчисляет налог. Именно такая сумма НДС должна быть указана в счете-фактуре.
Тот факт, что в стоимости СМР подрядчик учитывает стоимость не облагаемых налогом работ и услуг, не влияет на то, как заказчик принимает НДС к вычету. Значит, он вправе принять к вычету всю сумму налога, предъявленную подрядчиком, не опасаясь претензий со стороны инспекции.

Документ: Письмо Минфина России от 30.09.2016 N 03-07-11/56905