Юрлицо заполняет 6-НДФЛ по каждому обособленному подразделению, даже если они числятся в одной ИФНС

Вывод следует из анализа письма ФНС. Ранее ведомство уже выражало такую позицию.
Подход применим, когда обособленные подразделения юрлица находятся в одном муниципальном образовании, на территории которого действует единственная инспекция. В такой ситуации все они состоят на учете в одном налоговом органе, поэтому возникают сложности с тем, как подавать по ним 6-НДФЛ.
Рекомендуем налоговым агентам следовать разъяснению ведомства. Иначе могут возникнуть претензии со стороны инспекции.

Документ: Письмо ФНС России от 09.11.2016 N БС-4-11/21223@