Юрлицо вправе принять НДС к вычету независимо от того, в каком порядке пронумерованы счета-фактуры

Такой вывод Минфин сделал в новом письме. Аналогичное мнение в 2015 году высказывала ФНС.
Минфин рассмотрел следующую ситуацию: юрлицо нумеровало счета-фактуры в хронологическом порядке, и при этом возобновляло нумерацию каждый календарный месяц.
Ведомство указало, что право на применение вычетов по НДС не поставлено в зависимость от порядка формирования порядковых номеров счетов-фактур, которые выставляет продавец при реализации товаров, работ, услуг.
Такой же вывод в 2015 году делала и ФНС.
Отметим, что специальных правил нумерации счетов-фактур не содержат ни НК РФ, ни Правила заполнения счета-фактуры.
Обратим внимание, что еще в 2013 году Минфин рассматривал вопрос о возможности ежедневной нумерации счетов-фактур с первого порядкового номера, но не говорил о применении вычета НДС. В этом письме ведомство напомнило, что есть вид ошибок, которые не мешают юрлицу заявить вычет. Из анализа данного разъяснения можно сделать вывод, что покупатель вправе применить вычет НДС и по счету-фактуре, который выставила организация, возобновляющая нумерацию счетов-фактур ежедневно.

Документ: Письмо Минфина России от 12.01.2017 N 03-07-09/411