Вопрос: Об уплате налога на прибыль участниками СЭЗ, имеющими обособленные подразделения.

Ответ: В соответствии с пунктом 1.7 статьи 284 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — НК РФ) для участников свободной экономической зоны (далее — СЭЗ) предусмотрены следующие преференции в части налога на прибыль организаций:
— в части зачисления в федеральный бюджет обнуление ставки налога на прибыль от деятельности в течение десяти последовательных налоговых периодов начиная с налогового периода, в котором в соответствии с данными налогового учета была впервые получена прибыль от реализации товаров (работ, услуг), произведенных в рамках договора об осуществлении деятельности в СЭЗ;
— в части зачисления в региональные бюджеты законами Республики Крым и города федерального значения Севастополя может устанавливаться пониженная налоговая ставка налога на прибыль организаций для деятельности, осуществляемой в соответствии с договором об осуществлении деятельности в СЭЗ, при этом она не может превышать 13,5 процента (12,5 процента в 2017 — 2020 годах).
Указанные налоговые ставки применяются при условии ведения налогоплательщиком раздельного учета доходов (расходов).
На основании вышеизложенного участник СЭЗ имеет право воспользоваться пониженной ставкой налога на прибыль организаций только в отношении прибыли, полученной от деятельности, предусмотренной соответствующим договором об осуществлении деятельности в СЭЗ и осуществляемой на территории СЭЗ, при условии ведения налогоплательщиком раздельного учета доходов (расходов), полученных (понесенных) от деятельности, осуществляемой в соответствии с договором об осуществлении деятельности в СЭЗ, и доходов (расходов), полученных (понесенных) при осуществлении иной деятельности.
При этом особенности уплаты налога на прибыль налогоплательщиками, имеющими обособленные подразделения, установлены статьей 288 НК РФ.
Согласно пункту 1 статьи 288 НК РФ налогоплательщики — российские организации, имеющие обособленные подразделения, исчисляют и уплачивают в федеральный бюджет суммы авансовых платежей, а также суммы налога по итогам налогового периода по месту своего нахождения без распределения указанных сумм по обособленным подразделениям.
Пунктом 2 статьи 288 НК РФ определено, что налогоплательщики уплачивают авансовые платежи, а также суммы налога, подлежащие зачислению в доходную часть бюджетов субъектов Российской Федерации, по месту нахождения организации, а также по месту нахождения каждого из ее обособленных подразделений исходя из доли прибыли, приходящейся на эти обособленные подразделения.
Суммы авансовых платежей, а также суммы налога на прибыль организаций, подлежащие зачислению в доходную часть бюджетов субъектов Российской Федерации, исчисляются по ставкам этого налога, действующим на территориях, где расположены организация и ее обособленные подразделения.

Основание: ПИСЬМО МИНФИНА РОССИИ от 25.07.2018 N 03-03-06/1/52241