Вопрос: Об НДС при реализации СМР подрядным способом, если их стоимость включает расходы на приобретение работ (услуг), не облагаемых НДС.

Ответ:  Пунктом 1 статьи 154 Налогового кодекса Российской Федерации установлено, что при реализации налогоплательщиком товаров (работ, услуг) налоговая база по налогу на добавленную стоимость определяется как стоимость этих товаров (работ, услуг), исчисленная исходя из цен, определяемых в соответствии со статьей 105.3 Кодекса, с учетом акцизов (для подакцизных товаров) и без включения в них налога на добавленную стоимость.
Таким образом, при реализации строительно-монтажных работ налоговая база по налогу на добавленную стоимость определяется как стоимость этих работ, исчисленная исходя из цен, определяемых в соответствии со статьей 105.3 Кодекса, которые формируются с учетом всех фактических расходов на их выполнение, в том числе расходов на приобретение работ (услуг), не облагаемых налогом на добавленную стоимость.
Что касается вопроса вычета налогоплательщиком сумм налога на добавленную стоимость, предъявленных подрядной организацией, по строительно-монтажным работам, стоимость которых сформирована с учетом расходов на приобретение работ (услуг), не облагаемых налогом на добавленную стоимость, то в соответствии с пунктом 2 статьи 171 Кодекса вычетам подлежат суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику по товарам (работам, услугам), приобретаемым для осуществления операций, облагаемых этим налогом.
Согласно пункту 6 статьи 171 Кодекса вычетам подлежат суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику подрядными организациями при проведении ими капитального строительства.
На основании пунктов 1 и 5 статьи 172 Кодекса вычеты указанных сумм налога на добавленную стоимость производятся на основании счетов-фактур, выставленных подрядными организациями, после принятия выполненных работ на учет и при наличии соответствующих первичных документов.
Таким образом, суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику подрядной организацией по строительно-монтажным работам, стоимость которых сформирована с учетом расходов на приобретение работ (услуг), не облагаемых налогом на добавленную стоимость, принимаются к вычету на основании счетов-фактур, выставленных подрядными организациями, после принятия выполненных работ на учет и при наличии соответствующих первичных документов.

Основание: ПИСЬМО МИНФИНА РФ от 30 сентября 2016 г. N 03-07-11/56905