Наличные денежные средства, перечисленные физическим лицом, не могут быть зачтены в счет уплаты налоговых платежей за организацию 

Переводы денежных средств без открытия банковских счетов осуществляются только по поручению физических лиц. Это предусмотрено ст. 5 Федерального закона от 02.12.90 № 395-1 «О банках и банковской деятельности». Согласно Положению Банка России от 19.06.2012 № 383-П «О правилах осуществления перевода денежных средств» наличные денежные средства в уплату налоговых платежей также принимаются кредитными организациями только от физических лиц.
Из положений п. 3 ст. 45 НК РФ следует, что возможность внесения наличных денежных средств в банк, кассу местной администрации либо организацию федеральной почтовой связи для уплаты налога предусмотрена только для физических лиц. Юридические лица должны перечислять налоги в безналичной форме путем предъявления в банк поручения на уплату налога с расчетного (текущего) счета организации.
В связи с вышесказанным денежные средства, уплаченные физическим лицом за юридическое лицо, не могут быть отражены налоговым органом в счет уплаты налоговых платежей, в том числе задолженности по ним, за организацию.

Документ: Письмо ФНС России от 28.09.2016 № ЗН-4-1/18184@