Если товар используется только в не облагаемых НДС операциях, то правило о 5% юрлицо не применяет

В этом случае принять к вычету «входной» НДС нельзя. Такая правовая позиция ВС РФ включена в обзор, который ФНС разместила на своем сайте. Поэтому можно предположить, что ведомство придерживается подхода ВС РФ.
Судебный спор, который лежит в основе правовой позиции ВС РФ, касался такой ситуации.
Юрлицо приобрело материалы для выполнения работ, местом реализации которых не признается территория России. Доля совокупных расходов на реализацию таких работ в налоговых периодах составляла менее 5% общей величины расходов. Поэтому юрлицо воспользовалось правилом о 5% и приняло НДС к вычету в полном объеме.
Действия организации инспекция сочла неправомерными. С ней согласились и суды, которые рассматривали дело. Они указали, что правило о 5% не применяется к приобретенным товарам, которые используются только для операций, не облагаемых НДС или освобожденных от обложения данным налогом. «Входной» НДС должен учитываться в стоимости таких товаров.
С учетом того, что ФНС отразила эту позицию в обзоре, юрлицу рискованно спорить с инспекцией о вычетах НДС по товарам, которые используются исключительно в не облагаемой этим налогом деятельности, даже если соблюдается 5-типроцентный барьер.

Документ: Обзор правовых позиций, отраженных в судебных актах КС РФ и ВС РФ, принятых во втором полугодии 2016 года по вопросам налогообложения