Если работы сданы до оплаты, подрядчик исчисляет НДС на дату подписания акта сторонами

Минфин и суды уже высказывали такое мнение. Оно основано на положениях НК РФ: базу по НДС нужно определять на день выполнения работ или их оплаты. Выбор зависит от того, какое событие наступило раньше.
Если заказчик внес предоплату, база определяется как на день получения денег, так и на момент выполнения работ. НДС, исчисленный с предоплаты, подрядчик принимает к вычету. Если же предоплата не поступала, базу по НДС нужно определять на день выполнения работ. Этот день определяется по акту сдачи-приемки работ при условии, что стороны его подписали.
Если заказчик не подписывает акт и не оплачивает работы, невозможно установить дату, на которую определяется налоговая база, и начислить НДС. Тогда подрядчику придется доказывать в суде, что договор исполнен. День вступления в силу решения суда и будет считаться днем выполнения работ. Следовательно, на этот момент и надо определить налоговую базу по НДС.

Документ: Письмо Минфина России от 13.10.2016 N 03-07-11/59833