Если продавец уплатил НДС по льготной операции, он может заявить вычет «входного» налога

По некоторым операциям, которые освобождены от НДС, отказаться от этого освобождения нельзя. Но иногда продавцы выставляют по таким операциям счет-фактуру с налогом, предъявляют его покупателю и перечисляют сумму НДС в бюджет. Таким продавцам ФНС разрешила принимать «входной» налог к вычету.
Налоговая служба сослалась на позицию Пленума ВАС РФ: если по освобожденным операциям выставлен счет-фактура с НДС и налог уплачен в бюджет, значит, продавец вправе заявить вычет «входного» налога по этим операциям.
Вопрос, адресованный ФНС, касался услуг в аэропортах. Вывод ведомства можно использовать и в отношении других операций, по которым нельзя отказаться от применения освобождения. Даже если продавец-налогоплательщик дойдет в споре с инспекцией до суда, вероятность выиграть его велика.
В НК РФ есть и перечень освобожденных операций, по которым налогоплательщик вправе отказаться от освобождения. Если налогоплательщик-продавец проводит эти операции, сомнения по поводу вычета могут возникнуть в такой ситуации: заявление об отказе он не подавал, но фактически освобождение не использует, т.е. выставляет счета-фактуры с выделенным налогом, указывает его в декларациях и платит в бюджет.
В этом случае продавцу тоже можно принять «входной» налог по освобожденным операциям к вычету. Это объясняется так. Во-первых, Пленум ВАС РФ не уточнял, каких именно освобожденных операций касается его подход — по которым можно или нельзя отказаться от освобождения. Во-вторых, Минфин рекомендовал руководствоваться позицией высшего суда в вопросе о вычете НДС по освобожденным операциям, также не уточняя, каких именно.
Следует, однако, обратить внимание, что в практике нижестоящих судов уже после опубликования позиции Пленума ВАС РФ встречаются примеры противоположного подхода: суды вставали на сторону инспекции. Значит, продавцам лучше вовремя отказаться от освобождения операций, если они хотят принимать «входной» налог к вычету.

Документ: Письмо ФНС России от 23.09.2016 N СД-4-3/17871@