Даже если НДС предъявили по освобожденным от него операциям, применить вычет можно

Налогоплательщик вправе принять НДС к вычету по счету-фактуре, полученному от контрагента, несмотря на то что операция не облагается данным налогом по ст. 149 НК РФ. Такой выгодный для организаций вывод попал в обзор судебной практики ВС РФ (п. 25).
Аналогичную точку зрения уже высказывали как сам ВС РФ (в том числе в обзоре судебной практики), так и Минфин с ФНС.
В 2013 году финансовое ведомство считало иначе. Суды иногда поддерживали налоговиков (например, АС Северо-Западного округа в 2016 году).
Полагаем, что на противоположную позицию можно не обращать внимания и применять вычет НДС.

Документ: Обзор судебной практики ВС РФ N 1  (2018) (http://www.vsrf.ru/documents/practice/26591/)
Утв. Президиумом ВС РФ 28.03.2018